Portugis pertama kali sampai di Timor pada kurun ke-16 dan pada tahun 1702, Timor Timur berada di bawah jajahan pentadbiran Portugis.[6] Pemerintahan Portugis tidak begitu kuat sehinggalah pulau itu dibahagikan dengan pihak Belanda pada tahun 1860.[7] Sebagai satu medan pertempuran yang penting semasa Perang Pasifik, Timor Timur diduduki oleh 20,000 tentera Jepun. Pertempuran tersebut berhasil mengelakkan Australia dari dijajah Jepun tetapi menyebabkan kematian 60,000 orang Timor Timur.

Apabila Indonesia berjaya mendapat kemerdekaan selepas Perang Dunia Kedua di bawah pimpinan Sukarno, ia tidak mendakwa mengawal Timor Timur dan juga tidak membantah pemerintahan Portugis ke atas pulau tersebut. Pemberontakan tahun 1959 ke atas Portugis juga tidak disokong oleh pemerintah Indonesia.[8] Satu dokumen Pertubuhan Bangsa-bangsa Bersatu tahun 1962 menyatakan: "pemerintah Indonesia telah mengisytiharkan ia mahu memelihara hubungan baik dengan Portugal dan ia tiada hak ke atas Timor Portugis...".[9] Jaminan ini berterusan sehingga Suharto berkuasa pada tahun 1965. Seorang pegawai Indonesia mengumumkan pada bulan Disember 1974: "Indonesia tiada cita-cita meluaskan wilayah; ... Jadi tiada persoalan yang Indonesia mahu mengambil Timor Portugis."[10]

Pada tahun 1974, rampasan kuasa di Lisbon menyebabkan perubahan besar dalam hubungan Portugal dan koloninya Timor. Pemerintah Portugal yang baru mahu melepaskan tanah koloninya Timor Timur. Perkara pertama adalah membuka politik.[11]